鸣人接下纲手下达的任务，和小樱一起追踪拔忍蜈蚣。他们失落之塔海报

追着蜈蚣来到了沙漠中的废墟“楼兰”，而蜈蚣的目标正是沉眠于楼兰地底的龙脉。龙脉拥有巨大的能量，蜈蚣将龙脉解封，能量的漩涡把进入废墟探查的鸣人吸了进去。

鸣人从昏迷中醒来，发觉自己身在一个陌生的地方：这是一个繁华热闹的市镇，市镇中心有一座高耸入云的巨塔。鸣人虽然不清楚究竟发生了什么，但他还是继续寻找蜈蚣。鸣人在市镇里遇到了女王莎拉。

原来鸣人穿越时空，回到了过去，而此处正是极盛时代的楼兰。年轻的女王莎拉广受民众爱戴，人们安居乐业，过着太平日子。然而传言诡秘的大臣安禄山赞正在制造可怕的武器。

六年前，有一个来自未来的忍者像鸣人一样突然出现在楼兰。而安禄山赞其实是蜈蚣伪装的，他意欲在这个时代二度夺取龙脉的能量。

三代火影猿飞日斩得知蜈蚣的阴谋后，向波风水门、志尾、丁座、卡卡西四人组发出了命令，木叶村的忍者们跃入千之塔，与蜈蚣操控的傀儡军团展开了激战。

断崖绝壁，四面环海的孤岛监狱“鬼灯城”。鸣人因被指控*害云隐和岩隐的上忍，及暗*雷影未遂被投入监狱。“鬼灯城”城主无为拥有着超强的禁固术，鸣人不但因城主“无为”的最强禁锢术失去了所有力量，还处处遭人暗*，鸣人从监牢逃脱，找到陷害自己的人，从而证明自己的清白。

十数年前，巨大的魔兽・九尾被戴着面具的神秘男忍者解放了。九尾袭击了木叶忍者村，为了守护面临毁灭的村庄，第四代火影牺牲了自己的性命，并把九尾封印在刚出生的儿子漩涡鸣人身上。

时光流逝，恐怖的忍者集团・晓的成员突然袭击了木叶忍者村。鸣人等人在任务中击退了晓的成员而受到村里的人赞许，也获得了可以提交上忍申请书的机会。鸣人看到其他人都有父母可以帮忙写申请书而感到落寞和焦躁，就在此时，斑突然出现在他眼前，并用无限月读的实验性忍术把他送往了另一个世界。在那个犹如镜中世界般的地方，鸣人实现了这十六年来从来没有与家人一同生活的梦想，他明知道要尽早离开这个诡异的地方，却放不下他好不容易才拥有的亲情。

而另一方面，斑正等待着机会准备重现十六年前那场惊天动地、夺走鸣人父母性命的捕获九尾之战。那段感伤又痛苦的回忆即将在大银幕重现，而出现在月读幻术世界中的谜样人物─假面之男的真实身份也即将曝光……。

鸣人和佐助的因缘之战结束2年之后，木叶忍者村临近冬日的祭典。鸣人在拉面店“一乐”与一同成长起来的同伴们正度过着快乐的时间。在那之中，带着自己偷偷编织的围巾的雏田仍然没能传达自己的心意。雏田对于只能一直在旁边守望的自己感到厌恶。这时，一个神秘的男人突然现身了。千钧一发之际，鸣人前来搭救了雏田，但那个男人却留下“你们将迎来灭亡的命运。就在这时，伴随着强烈的光芒，陨石贯穿了夜空……

五影会谈紧急开幕。在那里就座的是各国的首长雷影、水影、土影、我爱罗。月球不断靠近地球，其残骸将会落向地面，可以说人类灭亡的倒计时已经开始了。忍者们为此陷入混乱。鸣人与小樱、鹿丸、佐井以及雏田开始展开调查，并到达了一个刻着巨大咒印的异质地底空间。在那里等着他们的是，“某个计划”以及大筒木舍人。这个男人的真实身份是曾经与鸣人、佐助展开殊死决斗的查克拉之祖大筒木辉夜的子孙。在那瞬间，率领着傀儡队的舍人现身，以压倒性的力量将鸣人等人击倒。雏田也终于落入了舍人的手中。与此同时，地面上的人们与不断降落的陨石所进行的壮烈防卫战也即将迎来极限。舍人终于道出的“真正的最终计划”究竟是！？大筒木一族，以及雏田她们的日向一族之间的悲哀宿命究竟是！？即将到来的地球最后之日，众人各自心怀不屈的意志，超越时空展开激烈的冲突！