从整体实力来看，这两所高校目前都成为了博士授予单位，都可以开展本硕博招生和培养，但南京财经大学硕士点数量更多一些。

以2022年软科江苏省高校排名来看，南京财经大学位居财经类高校第十位，全国第166位，南京审计大学位居财经类高校第16位，全国第196位。

两校都进入了全国高校前200强，但南京财经大学排名更加领先一些。

在第四轮学科评估中，南京财经大学有9个学科上榜，其中应用经济学、工商管理两个学科被评为B，食品科学与工程被评为B-，具体可见下图。

南京财经大学的经济统计学、国际经济与贸易、金融学、会计学、物流管理、食品科学与工程、经济学、工商管理、审计学、金融工程、贸易经济等专业都是国家一流本科专业，也是学校的优势学科和特色专业。

南京审计大学在第四轮学科评估中，有三个学科上榜，其中工商管理被评为B，应用经济学被评为C，理论经济学被评为C-。

南京审计大学的审计学、金融学和财政学都是国家级特色专业建设点，也是省级重点学科，也是学校的优势学科和王牌专业。