2004年，与当局矛盾激化，侯赛因·胡塞就发动了叛乱。萨利赫总统指责叛军违反之前约定。从此在萨达省战火不断，造成大量民众流离失所，而侯赛因·胡塞在一次军事行动中被政府军击毙。之后其支持者为表示永远追随侯赛因·胡塞把“青年信仰者”组织改名为“胡塞人”。改由侯赛因·胡塞的兄弟们共同领导，其中比较有威信的头目是阿卜杜勒·马利克·胡塞。因阿卜杜拉相对温和，致使反叛运动走入低潮。并于2007年同政府军签署停火协议。

什叶派胡塞武装组织长期占据也门北部萨达省。2010年与也门政府签订停火协议，结束与政府军长达6年的武装冲突。

然而，在2014年7月，胡塞武装组织借也门政府削减燃油补贴民众强烈不满之机，武力夺取首都萨那，并在随后的内阁改组、军队改革等问题上与中央政府摩擦不断。

2015年1月19日，胡塞武装人员与也门总统卫队发生冲突，占领总统府，随后也门总统哈迪和总理巴哈递交辞呈，也门议会此后宣布无限期推迟召开会议审议总统辞呈。为解决危机，在联合国代表的协调下，也门各党派展开对话，但在总统和议会合法性、总统委员会组成以及军队地位等问题上存在分歧，至今没有达成协议。之后胡塞武装组织表示，如果各政党在3天内无法达成协议，将单方面采取措施保证权力和平交接。

2015年2月6日，也门胡塞武装组织宣布成立总统委员会和全国过渡委员会，以取代也门总统和议会治理国家。胡塞武装组织宣布将成立由5名成员组成的总统委员会，负责组建专家型政府。同时，胡塞武装组织宣布解散也门议会，成立由551名成员组成的全国过渡委员会代行议会职责。联合国称不予承认。

2017年12月4日，前总统阿里·阿卜杜拉·萨利赫被胡塞武装组织打死。