接着开始了英格兰自己内战，也就是玫瑰战争，苏格兰也没闲着，多次庇护兰开斯特家族战败的王室。让战争没办法结束，接着15-16世纪经历了数百年的英格兰入侵。苏格兰内部终于稳定下来，虽然与英格兰互看不顺眼，但又因为利益，两者的王室大量通婚，导致双方的王室几乎都有对方王室的继承权。
苏英宗教矛盾
1509年，知名大渣男亨利八世成为英格兰国王，当时的西欧各国普遍信仰天主教，而天主教重视婚姻，仅承认一夫一妻制的合法性，教会不提倡离婚，而王室离婚更是要经过教宗的批准。
但亨利八世一生却离了八次婚，他为了离婚简直不惜一切代价，其中他两任妻子被他斩首。为了休妻另娶新王后，亨利八世与当时的教宗反目，推行英格兰宗教改革，并通过一些重要法案，容许自己另娶，并将当时英国主教立为英国国教，使英格兰教会脱离圣座，自己成为英格兰最高宗教领袖，也使英国王室的权力因此达到顶峰。
而当时苏格兰则继续保持天主教信仰，宗教问题加剧了英格兰与苏格兰的关系紧张。
1561年，苏格兰女王玛丽一世被自己的贵族推翻，不得不逃亡到英格兰。投靠刚即位的表姑，也就是英格兰女王伊丽莎白一世，由于玛丽是虔诚的天主教徒。而伊丽莎白信奉新教，英格兰国内具有大量的天主教支持者，同时玛丽也拥有英格兰的继承权。
因此，伊丽莎白把玛丽视为眼中钉，把她监禁了18年，最终，玛丽卷入了伊丽莎白暗*事件，惨遭处决。
同一个国王
伊丽莎白在位期间英格兰更加强大，但伊丽莎白终身未婚。最终，把英格兰的王位传给了被他处死的玛丽之子，就是当时的苏格兰国王詹姆士六世。就这样打了数百年仗的两个国家，迎来了同一个国王，但由于两个国家关系过于复杂。苏格兰和英格兰依然是两个独立的国家，只不过国王是同一个人。
也因为是同一个国王，自然两国不会开战，詹姆士六世的儿子叫做查理一世，即位后卷入英格兰议会的权力斗争。英格兰议会以叛国罪把他送上了断头台，接着英格兰迎来了政治改革，成为了共和国。英格兰经过了兵荒马乱后，开始专注于海上贸易与世界接轨，逐渐发展成了"日不落帝国"。
