《教父3》影片开头是一些腐朽的木头飘零在水中。一栋没有人居住破旧的房子，以及被风吹起的落叶。由此定下了本片的基调—柯里昂家族的没落。“世上唯有子女是财宝，人间财权难以比拟”这是年老的麦克柯里昂写给子女的信，邀请他们来参加自己的受封典礼。麦克晚年忠于慈善事业，教廷授予他圣萨巴辛勋章，麦克宣布正式成立柯氏基金会。让女儿玛丽担任荣誉主席。

文森的上司扎萨找麦克抱怨麦克的侄子文森工作的一些问题。文森说：“扎萨经常在背后骂柯里昂家族的坏话”，麦克不想再处理这类琐事，让他们和平处理。扎萨在文森耳边骂了一句脏话，结果文森直接咬伤了扎萨的耳朵。然后扎萨则派人来暗*文森，两个*手都被文森给反*了。管理梵蒂冈银行的罗马大主教，寻求麦克帮助他们还掉6亿美元的债务。许诺他可以控制房地产“屹立集团”的股份，这样麦克的黑手党家族事业就可以洗净。麦克急于想把家族事业合法化，很快就把钱打了过去。

老一辈黑手党艾图贝洛说他那些的老伙计们，也想要入股“屹立”集团。麦克说“屹立”的生意必须合法，不再和黑手党有联系。麦克把大家伙召集起来，开了个会议。说他已经把赌场都给卖了，大家的合作生意就此结束。每个人都根据自己的赌场股份得到了满意的支票。扎萨由于在赌场黑了很多钱没有股份，当场与麦克吵了起来，扎萨让人悄悄把赌场的门用手铐锁上。然后派直升机对会场进行射*，麦克在文森的掩护下逃过了一劫。

麦克知道扎萨不会想出用直升机射*的点子，猜想他的背后肯定有人撑腰。文森征得姑姑康妮（麦克妹妹）的同意，暗中计划把扎萨给*了。与此同时麦克的女儿玛丽找上了文森，两人互吐心声并发生了关系。麦克知道后让文森做事不要太急躁并且反对他们俩。另一方面”屹立“集团”迟迟不肯同意让麦克控股。麦克知道原来这是一个骗局，他被大主教给欺骗了。麦克回到了西西里拜访汤玛西诺阁下，想要找出“屹立”集团和刺*事件的幕后黑手。汤玛西诺告诉他只有黑白通吃的鲁加西才有这种能力。然后引荐麦克去找红衣主教龙巴度。

麦克向龙巴度告发了大主教勾结政界高层贪污钱财的事情，并且向龙巴度做了告解。麦克坦白不得已才*了自己的二哥弗雷多。从教堂回来麦克对妹妹康妮说“终此一生，我在社会上力争上游”，高高在上的事总是合法正直的。此外，麦克让文森到艾图贝洛做卧底，查出“屹立集团”和刺*的事件。文森告诉麦克这一切都是艾图贝洛和鲁加西设下的圈套。另一方面，梵蒂冈的老教皇去世，龙巴度当选了新教皇。龙巴度立马就处理了大主教贪污案一事，大主教和鲁加西打算拼死一搏。他们*害了汤玛西诺阁下，麦克知道后很是伤心，觉得汤玛西诺阁下的死是都是因为他。麦克然后发誓，再也不犯罪行。从此退出黑手党的江湖，紧接着麦克把柯里昂家族的权利交给了文森。

随后麦克去看儿子安东尼的第一次歌剧演出。艾图贝洛安排*手混进去，打算暗*麦克。新教父文森在此期间安排好了一切。通过巧妙的布局，把大主教和鲁加西都铲除了。艾图贝洛也被麦克的妹妹康妮下毒给弄死了。*手在歌剧结束的时候暗*麦克失败，却把玛丽给*了。抱着女儿的尸体，麦克这次哭的撕心裂肺。文森开枪把*手给*了。

影片最后，麦克回到了西西里老家，独自一人坐在椅子上晒太阳。回想起了以前的种种事情，麦克在回忆中离开了人世。