因武广高铁于2009年12月26日起开通运行，武广高铁韶关新站所在的芙蓉新城将成为韶关市的行政、文化、商贸中心，应韶关市政府要求，铁道部决定自2009年12月15日起将武广高铁上的新火车站命名为韶关站，具有近百年历史的京广线老火车站易名为“韶关东站”。

韶关东站现站房于1988年12月16日与京广铁路（衡广复线扩能改造）一并建成投入使用。

2013年7月15日韶关东站站房改造，于2014年初建成。2014年9月30日，韶赣铁路起始站——韶关东站迎来新一条铁路（韶赣铁路）的通车。