随着加持良治偷来亚当之卵给碇源堂，运回朗基努斯枪，战局变化虽多但都被两人合力步步化解。

冬月唯一担心碇源堂对碇唯的克隆体绫波丽产生「真」感情，一旦过于意气用事便会前功尽弃。

终于三台EVA跌跌撞撞有惊无险地一个个击败使徒，最后由人类补完委员会（SEELE）送来的第五适格者渚薰意外变成第十七使徒（最后一个使徒），又意外的根据自己自由意志选择不去触发第三次冲击，自愿被碇真嗣（初号机）*死。《死海古卷》寓言的使徒终于全部被人类干掉，SEELE血洗NERV基地又使用量产机 初号机触发第三次冲击，人类补完终于到来。