公元502年，雍州刺史萧衍在襄阳起兵，攻破南齐都城，建立梁朝，定都南京。

公元557年，陈霸先覆灭南梁政权，建立陈朝，定都南京，史称南陈。

公元589年，隋文帝杨坚命晋王杨广进军南京，陈朝灭亡，标志着南朝就此结束。杨坚还把南京城夷为平地，历经六朝都城的南京就此毁灭。

五代十国时期，公元937年，徐知诰受禅称帝，国号为“齐”，定都南京。后来徐知诰自称是唐宪宗之子建王李恪的四世孙，遂改国号为“唐”，史称“南唐”。

1368年，朱元璋在南京称帝，国号大明，年号洪武。他先后进行北伐和西征，同年以“驱逐胡虏，恢复中华” 的口号命徐达、常遇春等将北伐，攻占大都。

1421年，明成祖朱棣迁都至北京。

1853年，洪秀全等人定都南京，建立与清王朝相对峙的太平天国政权。

1912年，中华民国南京临时政府的创立，孙中山就任中华民国临时大总统。

一般说南京是六朝古都，是指东吴、东晋、南朝的宋、齐、梁、陈这六朝。