广州段：新塘南站。

深圳段：沙井西站（原海上田园站）、福海西站（原和平站）、深圳机场北站、深圳机场站共4个车站。

东莞段：中堂站、望牛墩站、东莞西站（原望洪站）、洪梅站、东莞港站（原沙田站）、厚街站、虎门北站（原虎门火车站）、虎门东站（原虎门南贸城站）、长安西站（原长安厦边站）、长安站（原长安金沙站）共10个车站。

开通运营初期，穗深城际铁路每日最多开行37趟动车组列车，其中广州东站往返深圳机场站33趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。日常开行33趟，其中广州东站往返深圳机场站29趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。

一小时生活圈就在眼前，沿线游玩攻略奉上

穗深城际铁路是连接广州中心区、东莞核心组团、深圳东部滨海地区的城际轨道骨干线路，串联了珠江东岸各大经济发达城市组团，为构建粤港澳大湾区1小时经济生活圈、打造世界级城市群发挥重要作用。