数百年间，大佛寺历经兴废，抗日战争期间，国民政府为避日机轰炸，还曾将故宫博物院的大批文物运到大佛寺内保管，寺庙也因此得以名垂青史。然而令人遗憾的是，大佛寺在上世纪五十年代被毁，明代千手千眼观世音菩萨铜像也被拆除用于炼钢。

1993年，峨眉山市决定重建大佛寺，因原址建筑群过于密集，寺院规模受到限制，于是批准峨眉山佛教协会筹资在城南郊白塔山购地226亩，恢复重建大佛寺，并改名为“大佛禅院”。2008年12月14日，峨眉山大佛禅院举行开光法会暨落成庆典，正式对外开放。

重建后的大佛禅院坐西向东，分为佛教朝拜区，佛教园林文化共享区和佛教院校教育区等三大功能区域。其中朝拜区的十一进院落沿中轴线依次排列，十座大殿和十一级平台依地势逐级而升，前后高差达33米，重现了昔日著名十方丛林寺院的辉煌和庄严。

由于峨眉山是普贤菩萨的道场，根据佛教“三宝和合”、“山寺一体”的理念，坐落在山脚下的大佛禅院被视为普贤菩萨“脚”的表象。人们到峨眉朝山礼佛，也都会从“脚”开始，以此表达对普贤菩萨的恭敬和虔诚。大佛禅院也因此成为峨眉山祈福朝拜的第一站和峨眉山旅游进入名山的必去之地。