在军事上，四辅臣继续扫荡残余的反清势力。1664年，清朝灭夔东十三家，标志着李自成的残余势力全部灭亡，内地40年的农民战争最终结束。

对盘踞东南的郑氏集团，四辅臣采取招抚政策，三年内使其3000多官兵，10万百姓投归清朝，大大削弱了郑氏的势力，这为后来施琅平定台湾提供了条件。四辅臣又松弛了海禁，逐渐让沿海居民恢复正常的经济生活，有利于沿海经济的发展。

四辅臣虽然在辅佐康熙上尽心尽力，尽忠职守，但是在一些重要的问题上依然犯了错误，其中最大的失误就是扩大了“三藩”的权力。

三藩，分别是平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠，他们分别驻扎于云贵、广东、福建。三藩的最初并非诸侯，而是将领，只有驻地，没有封地。在顺治时期，战争一旦结束，三藩就要调离驻地，撤回关外驻防。可四辅政时期，为了南方安定，就让三藩永驻南方，将驻地变成了封地，并授予行政、军事、经济大权。

三藩地图

三藩从将领摇身一变成为诸侯，为后来的“三藩之乱”埋下了隐患。而四辅政扩大三藩的权力，使其永驻其封地是三藩诸侯化的关键。这算是四辅臣执政过程中犯下的最大错误。

四辅臣最初在内政问题上保持和衷共济，遵守誓言，共同决策，使得朝廷相安无事。但随着四辅臣势力的形成，羽翼丰满，他们就开始产生了党争，尤其是鳌拜势力的膨胀给清朝带来了新的危机。

在四辅臣中，索尼的威望最高，权力最大，鳌拜不能与之争锋。遏必隆和鳌拜同属一旗，在大小事情上都附和鳌拜，两人同属于一党。苏克萨哈的地位仅次于索尼，但是爵位却低于鳌拜，让鳌拜十分不满，因而成为了鳌拜的斗争对象。

1666年，鳌拜强制要求和苏克萨哈的正黄旗更换土地。原来，多尔衮入关后，将本应该拨给镶黄旗的肥沃土地占据了，而将贫瘠的土地拨给镶黄旗。但是20年过去了，重新更换土地会引发更大的矛盾，这引起了朝廷大臣的不满。鳌拜则趁机大兴案狱，*死了反对的大臣。随后，鳌拜不顾康熙的反对强行更换土地，引发了社会矛盾。

1667年，康熙14岁，到了亲政的年纪。索尼自觉年老，提议康熙亲政。到了六月，索尼病倒，鳌拜掌握大权。皇太后见事情有变，立即举行亲政大典。但是鳌拜哪肯放权，他害死苏克萨哈，意图控制朝政，挟天子以令诸侯。最终，康熙设计擒拿了鳌拜，结束了四辅政时代。

总体上来说，四辅臣执政时期的清朝是在平稳过渡，经济在恢复，使得清朝为“康乾盛世”奠定了基础。但是四辅臣在诸侯问题上犯了大错，使得“三藩”演变为诸侯，又为“三藩之乱”埋下了隐患。在后期，鳌拜专权，制造党争，差点使清朝走上了深渊。若不是康熙当时智谋过人，出奇计拿鳌拜，那清朝就很难以和平的方式渡过瓶颈期，很可能天下就此大乱了。