从前在一个村庄里有一个名叫尼尔斯的小男孩，他的家里养了许多小动物，他十分调皮，喜欢捉弄小动物。有一天，因为他欺负小狐仙，所以变成了拇指大的小人。之前被他欺负的动物们也都开始控诉他，鸡群嘲笑他，猫欺负他，牛开始吐槽他的一举一动，自己家的大雄鹅也要跟着雁群飞走了。为了留住大雄鹅，他骑在大雄鹅的背上，却没从背上掉下来，和大雄鹅开启了一段奇妙的旅程。

起初，尼尔斯非常不受大雁们欢迎，对他都非常反感，在它们一起休息时，尼尔斯从狐狸洞口救出了一只大雁，大雁的首领阿卡被感动了。尼尔斯从大雁口中得知，只有带着大雁回家才能变成人类。

后来他参加了鹤之舞表演大会，遇到了小灰雀邓芬，帮助鹅姑娘和小马茨脱险，这让大雁阿卡对他的看法发生了改变，态度也发生了好转。阿卡主动帮助尼尔斯摆脱困境，在大雁们的帮助下，尼尔斯从狡猾的狐狸身边逃走了。

尼尔斯和大雄鹅继续前行，在旅途中，他们经过厄兰岛帮助了小灰雀疗伤。后来他们来到了一家农舍，在这里面有一位死去的老奶奶，尼尔斯于心不忍，便帮助老奶奶办理了丧事，一切完成之后，雁群们才继续上路。

之后，他们在卡尔斯岛上保护了羊群，在洞里保护雄鹅莫顿。尼尔斯最后回到家里，父母想要*了他的伙伴，尼尔斯毫不犹豫地保护它们，小狐仙被感动了，把尼尔斯变回了原来的模样。

尼尔斯和雁群的相处让他从欺负动物的“坏孩子”变成了爱护动物的“好孩子”。