1986年夏季发掘坑位。（图片由杭州良渚遗址管理区管理委员会提供）

随后，古城的考古发掘和研究不断深入，它的空间格局、功能分区以及各类遗存的内涵日渐清晰。2010年，古城的外城得到初步确认。

良渚古城遗址西城墙。（图片由杭州良渚遗址管理区管理委员会提供）

2015年，发现和确认古城外围大型水利系统，是中国迄今发现最早的大型水利工程遗址，也是目前已发现的世界上最早的堤坝系统之一。

外围水利系统分布图（图片由杭州良渚遗址管理区管理委员会提供）

2013年12月5日，新发现的栈桥码头考古遗迹发掘现场。（图片由杭州良渚遗址管理区管理委员会提供）

以良渚古城为核心的良渚遗址是良渚文明的中心，遗存类型丰富，遗址格局完整，揭示了中华文明国家起源的基本特征，为中华五千多年文明史提供了最完整、最重要的考古学物证。特别是与古埃及、苏美尔文明同时期建成的良渚古城，无论规模和内涵，在世界同类遗址中都极为罕见，堪称“中华第一城”，曾多次列入中国十大考古新发现。