殿内居中供奉法身佛“毗卢遮那佛”，手结智拳印，结跏趺坐于莲花宝座上；毗卢尊师久住圆通三际，清净法身普度十方信众。殿宇的两旁供奉二十四诸天，右侧诸天神的尽头，是文殊菩萨，左侧诸天神的尽头是普贤菩萨。毗卢遮那佛的背后是海岛观音，左手持净瓶，右手施无畏印，神姿飘逸，两侧有胁侍善财童子和龙女，背后是大型壁塑“善财童子”五十三参。

毗卢宝殿的左右两侧是钟鼓楼，为一九九五年五月重建。重檐歇山顶，翘角飞檐，四面楼阁建筑；钟楼的底层供奉地藏王菩萨，菩萨愿力宏大，要度尽三恶道诸苦，放证菩提；而闻钟声，可以暂息诸恶的痛苦，与菩萨的愿力一致，所以一般钟楼内供奉地藏王菩萨。