摩西在皇宫的埃及王子生活是快乐的，他与兄长——法老的儿子雷明西斯性情相仿，两人朝夕相处，一起赛马、毁坏建造中的神像，顽劣淘气，为所欲为，没少惹麻烦，经常受到法老的训斥。

当法老封雷明西斯为摄政王时，这位兄长首先想到的是要摩西做首席建筑师，他们二人是有着深厚情义的两兄弟。

雷明西斯得到父王奖励，赐给他一名美女西波拉，兄长将她转赠给摩西。等摩西回到住处，发现西波拉不在，就跑出去追，当得知西波拉的心愿后，还帮助她逃出了皇宫。

就在这偶然的机会，摩西遇到了自己的亲生姐姐，并告知了他真实的身份。

摩西开始时不能接受，跑去看壁画，没有明白其中的含义，直到他在梦中出现了姐姐所说的场景，见证了希伯来人的惨状，他再次查看壁画，终于明白了，自己其实不过是正在埃及受尽折磨的希伯来人当中的一员。

有一天，心怀愧疚的摩西在工地上看见一名年老的希伯来人被鞭打奴役，为了制止这一残酷的折磨，失手*了监工，他逃进沙漠。尽管兄长雷明西斯说了，可以帮助他不用受到惩罚，但摩西觉得自己无法面对养育他的法老“父王”，更是无法面对深陷苦难的希伯来人民。年轻的摩西，只好选择暂时逃避，离开了皇城，进入沙漠。

在沙漠里，摩西险些被埋，是经过的骆驼把摩西的头发当做食草，结果把摩西给薅了出来。

摩西来到了一个叫做米甸的部族，并被收留。巧的是，那个大祭司的女儿竟然是逃出埃及皇宫的西波拉。摩西与之成婚，过着自由自在的生活。这样的生活环境，很让摩西羡慕，由此他想到自己的希伯来同胞生活在水深火热当中，他要为子民们争取有未来、有希望的自由自在的生活。

这期间摩西得到耶和华神谕，是神选中的圣者，他肩负着犹太种族生死存亡的重任。

于是他和妻子回到埃及，这时法老已去世，雷明西斯成了新法老。雷明西斯见到摩西归来欢喜异常。当摩西以使者的身份提出自己的要求时，雷明西斯愤怒了。他不但不同意摩西的要求，反而加重了对希伯来人的迫害。这样一来，就迫使摩西不得不借助神杖展示希伯来神的力量。

当一场瘟疫来临，当埃及人家的长子灵魂都被带走之后，雷明西斯的长子殒命，作为父亲有着自己的内疚，也有作为君王的无助。而摩西也是满怀惭愧，但他别无选择，世代为奴的希伯来人，要想走上自由之路，缺少这样的血腥也是无法完成的。

这时的雷明西斯法老，在不得已的情况下只得允许希伯来人离开。可是在迁徙的路上不断被追*，天降大火阻挡了埃及追兵。来到红海海边时，发现法老雷明西斯率领的追兵又到了，他们一定要将这些手无寸铁的希伯来人赶尽*绝才肯罢休。

在关键时刻，摩西再次凭借神杖的力量，又创造出让红海分隔出道路的奇迹，最终摩西带领他的子民抵达了海的对岸。

影片的结尾，当黎明的曙光照耀在西奈山上时，老摩西坚定地站在山顶，目光如炬，望向这方。他的手里拿着两块刻着字的石板，那就是所有犹太人都知道的《十诫》。

《埃及王子》主题曲《只要你相信》以及影片中所有音乐皆是由德国作曲家汉斯•季默和美国作曲家史蒂芬•施瓦兹共同完成的。

影片上映第二年的1999年，《埃及王子》主题曲荣获第71届奥斯卡最佳原创歌曲奖，影片获奥斯卡奖。