《哈利波特6》讲述了主人公哈利·波特在霍格沃茨魔法学校第六年学习时的故事。这一年，鲁弗斯·斯克林杰接替康奈利·福吉成为了魔法部的部长，原因是人们认为康奈利·福吉对伏地魔早期对魔法世界的袭击处理不当。

哈利在这一年里得到了一本曾经属于神秘的混血王子的魔药书，他靠着书上的注释在魔药课实验上取得了优异的成绩。然而，随着课程的深入，这些注释上的咒语也越来越黑暗。同时，伏地魔仍在想方设法摧毁哈利的世界，而哈利也面临着青春期荷尔蒙躁动的困扰，发现自己越来越被金妮·韦斯莱吸引。