要将扫描的印章制作成透明的电子印章，可以使用图像处理软件来完成以下步骤：

打开扫描的印章图像，然后使用魔术棒或套索工具选择印章的区域。可以调整选区的精度和平滑度，以确保选取整个印章区域。

选择图像编辑软件中的透明度工具或者抠图工具，在选区中去除背景。可以选择一些基于颜色或边缘的算法来精确地去除背景，或者手动去除背景。

调整图像的色调、饱和度、对比度等参数，以确保印章的线条清晰、鲜明，并且透明度适当。

保存透明的电子印章为PNG或其他支持透明度的图像格式。PNG格式支持透明度，并且可以保留图像的细节和质量。

完成以上步骤后，就可以将制作好的透明电子印章插入到文档中，并进行电子签名。需要注意的是，在使用电子印章时需要遵守相关法规和规定，并确保签名的合法性和有效性。