在《我的世界》中，要使用指令消除末地水晶，你可以按照以下步骤进行操作：

1.打开聊天栏：按下"/"键或者"T"键打开聊天栏。

2.输入指令：在聊天栏中输入以下指令：

/setblock [x] [y] [z] air

其中[x]、[y]、[z]分别代表末地水晶所在的坐标。你可以通过F3调试屏幕来获取坐标信息。

3.执行指令：按下回车键执行指令。

4.检查结果：如果指令执行成功，末地水晶将会被替换为空气方块，从而消除了它。

请注意，使用指令需要开启管理员权限或者在创造模式下才能生效。