国家高新区和经开区都是经济功能区，不是行政实体，一般辖区市以上的市委市政的派出机构，大多数为副厅级及以上级别。

区别在于以下几点：

1、主管部门不同。国家高新区由国家科技部批复，归口指导，国家经开区由商务部批复，归口指导。这是最根本的区别。

2、产业发展方向不同。高新区侧重于高新技术企业，对于认定的国家级或者升级高新技术企业有额外的政策优惠。经开区侧重于工业，特别是制造业。但这点区别在越来越弱化。

经济开发区和高新区的区别：概念不同、定位不同、区位依托不同。经开区主要是提高总量，虽然也注重质，但偏重量。承担的是迅速做大全市经济总量的任务。高新区主要侧重产学研结合，偏重高新产业，对量的要求要弱于经开区。承担的是发展新兴产业、优化产业结构的作用。

1、概念不同

经济开发区根据开发区的规模等级，可以分为国家级开发区，省级开发区，市级开发区等。中工招商网资料记载，由国家划定适当的区域，进行必要的基础设施建设，集中兴办一两项产业。同时是给予相应的扶持和优惠待遇，使该区域的经济得以迅速发展。

高新技术产业开发区是指中国改革开放后在一些知识密集、技术密集的大中城市和沿海地区建立的发展高新技术的产业开发区。

2、定位不同

经济开发区的主要目的是积极吸引外资和国外的先进技术，提升我国的工业化水平和经济实力，出口创汇，同时宣传我国的对外开放政策。

高新技术开发区主要目标是发展高科技，实现产业化，主要途径是利用我国内部的智力资源，同时借鉴国外的先进发展经验，推进高新技术产业发展，从而带动经济结构调整。

3、区位依托不同

经济技术开发区的区位选择侧重于交通状况、产业基础和市场空间等地理资源优势。

高新技术产业开发区的区位选择侧重于智力密集、信息资源、产业基础和创业氛围等智力资源优势。前者优先选择沿海港口城市和内陆交通枢纽城市，后者优先选择高等院校、科研机构集聚和科研实力雄厚的地方。