根据国家标准《混凝土结构工程施工质量验收规范》（GB50204-2015），混凝土的钢筋保护层厚度的合格率标准如下：

1. 对于钢筋直径不大于25mm的部位，其保护层厚度应不小于15mm，其合格率应达到95%以上。

2. 对于钢筋直径大于25mm的部位，其保护层厚度应不小于20mm，其合格率应达到100%。

需要注意的是，这只是国家标准的要求，实际上工程质量应当严格要求，保护层厚度应当符合设计要求，确保混凝土构件的使用寿命和安全可靠。