游戏中登场的角色均来自原著《火影忍者》漫画中的人物，在该游戏中一共可操作角色87名。与前作《火影忍者：究极忍者风暴2》相比增加了14名新的角色： 尾兽玉模式金身鸣人、永恒万花筒写轮眼佐助、宇智波斑、秽土转生漩涡长门、山椒鱼半藏、二尾由木人、三尾矢仓、四尾老紫、五尾汉、六尾羽高、七尾芙、轮回眼宇智波带土、三船以及达鲁伊。 游戏中每名角色都有各自的攻击手段、觉醒、奥义和联合奥义，玩家可操作不同的角色进行对战，其中故事模式的角色是固定的，而对战模式则可以任意选择。