获批国家社科基金项目总数88项，2019年度项目数55项，立项总数连续三年排名全国高校第一，其中重大项目5项，位居全国第8位。国家自然科学基金2019年项目数539项（全国高校第九），直接经费3.8亿（全国高校第十）。国家自然科学基金重大项目2项，课题5项，课题经费总数排名第5。

同时，川大有6个学科入选教育部建设世界一流学科，包括：数学、化学、材料科学与工程、基础医学、口腔医学、护理学。

学校科研实力雄厚，标志性成果不断涌现。2020年，学校科研总经费突破30亿元、达到30.8亿元，其中人文社科科研经费首次超过2亿元。获准国家自然科学基金项目526项，直接经费3.2亿元，集中受理期获准项目数与经费排名全国第9。获2019年度国家科技奖5项，其中牵头3项。牵头获2019年度教育部科技奖一等奖5项，列全国高校第4。牵头获四川省科技奖一等奖11项。获教育部人文社科成果奖一、二等奖共22项，列全国第9。生物治疗国重室新冠疫苗研发取得重要突破并进入临床实验，相关基础研究成果在《Nature》上发表。

2003年以来，学校每年在国际国内期刊上发表的论文总数和在中国科技论文统计源期刊上发表的论文数均居全国高校前10位。根据中国科技信息研究所公布的数据，2006年学校在国际国内共发表论文6395篇，全国排名第9位；国内统计源期刊论文4338篇，全国排名第6位；SCI收录总数1066篇，全国高校排名第12位（2005年第14位）。

自然指数于2014年11月首次发布，目前已成为评价科研机构高水平学术成果产出的重要指标。自然指数主要对前一年各科研机构在Nature系列、Science、Cell等82种自然科学类期刊上发表的研究型论文数量进行计算和统计。82种来源期刊分为化学、地球与环境科学、生命科学和物理学四类。

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