第3部剧场版《世纪末的魔术师》，虽然没有正面交代。

怪盗基德在第76集《 柯南VS怪盗基德》登场，首次与柯南见面就发觉这个小孩子很不简单。应该从那之后就做了详细调查，最终发现柯南就是工藤新一。

《世纪末的魔术师》一片中，怪盗基德扮成白鸟刑警全程参与，帮了不少的忙。影片结尾小兰怀疑柯南的身份当面质问，柯南正准备坦白的时候基德化装成工藤新一的样子出现替他解了围，说明他此时已经知道了柯南是谁。

怪盗基德是第219集知道柯南是工藤新一的。

在第219集《新一VS怪盗基德》里，介绍了基德与在变小之前的新一的一次较量（他们并没有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那个大背景正是在第76集《柯南VS怪盗基德》里，准备偷铃木财团暗夜星辰的基德回忆的往事。

由此可见，在第76集里柯南虽是第一次见到基德，而基德已经感觉到柯南似乎就是从前那个给他添麻烦的侦探，所以要说基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具体说明如何知道的就是在第 219集里。而《世纪末的魔术师》最后基德还扮成新一的样子出现在兰的面前，是最早体现出基德看穿了柯南 。