首先需要知道是双酶切还是单酶切

1、单酶切 一般这种情况会根据实际大小进行判断，对于质粒来讲，有三种情况，线性质粒、超螺旋、开环结构三种，其在琼脂糖凝胶重的大小是不一样的，大小顺序，从上往下看： 开环>线性>超螺旋。 一般单酶切之后，此时的情况类似于开环结构，显示的是整个质粒的全长，此时对于maker去比对即可。

2、双酶切位点情况 这类情况被双酶切之后，产物里面有两个片段分布，一个大片段，一个小片段，从琼脂糖凝胶电泳中看，前为小片段，后为大片段。