汉朝初年，行迷信的巫蛊之事已经是民间非常流行，而到了汉武帝执政的后期则被引入皇宫之中，《资治通鉴》记载：“女巫往来宫中，教美人度厄，每屋辄埋木人祭祀之；因妒忌恚詈，更相告讦，以为祝诅上，无道”，这种风靡一时的封建迷信活动最终引发了"巫蛊之祸"。当然，这场影响到整个汉朝甚至中国历史发展的重大事件有一部分诱因是汉武帝晚年多病、疑心重重，并且听信谗言。

这种迷信活动最开始就让汉武帝很反感——当时的京师长安聚集了各类神巫，以旁门左道的奇幻邪术迷惑众人，后宫之内也是巫术横行，因相互妒忌，争吵时就轮番告发对方诅咒皇帝，汉武帝一怒之下将后宫嫔妃、宫女还有受到牵连的大臣*了数百人。但是，谁也没有预料到，一个看似不起眼的小事件竟然会愈演愈烈到不可收拾的程度——它直接导致了皇后卫子夫和太子刘据自*身亡！

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一般认为，“巫蛊之祸”的爆发与汉武帝本人的意图有关——他想借势打压朝野中存留的强大的卫霍势力。所以，一个切入口就是汉武帝借丞相公孙贺（卫子夫的姐夫）的一些不检点行为而决定处死了公孙贺父子、汉武帝与卫子夫所生的两个女儿以及卫青的长子卫伉等人。但是汉武帝本人也没有预料到，他身边早已有人盯好了下一个目标——太子刘据！

汉武帝晚年与太子刘据的政见之争也愈演愈烈，太子反对汉武帝的穷兵黔武，倾向于休兵止战，此外汉武帝晚年宠信的江充因与太子刘据、卫皇后有嫌隙，担心刘据登基后除掉自己，于是构陷太子行巫蛊之术。刘据得知此事，十分担忧，同时反太子联盟成功将内外封闭，刘据无法得知汉武帝的近况，为了不遭遇秦朝长公子扶苏般的命运，在少傅石德的唆使下，内外交迫困境中的刘据愤然起兵诛*江充。后来又因小人挑唆，汉武帝相信太子了谋反，于是征调大军追捕太子，在这场大动乱之中，皇后卫子夫和太子刘据先后自*而亡。

​征和三年（公元前90年），汉武帝悔悟，得知太子本无谋反之心，是奸臣搞鬼害死了卫皇后和太子刘据，于是开始报复参与谋害刘据的人。

征和三年十二月，汉武帝仿照刘据烧死胡巫的方法将苏文烧死在横桥上，参与诬陷的李广利被灭族，宰相刘屈氂腰斩并灭族，罪魁祸首江充被夷三族。值得注意的是，汉朝夷族株连的刑法在汉文帝时就已经废除，已经数十年不曾出现，哪怕谋逆大罪，被连坐的也只有父、母、妻、子及同父兄弟姐妹。此刻夷三族重新出现在江充身上，可见汉武帝内心的愤恨。对太子刘据和其儿子在逃亡时兵戎相见的追捕者也纷纷灭族。商丘成、景建、李寿、张富昌、莽通等凡是牵连到刘据之死事件的人，无一不遭到汉武帝的清算。

​征和四年，汉武帝向天下人发布了“罪己诏”，表明自己给百姓带来了痛苦，从此不再穷兵黔武，同时也表白内心的悔意。汉武帝因此成为中国历史上第一个用“罪己诏”自我批评的皇帝。