包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，前后共历18年。
弘光政权顺治元年（明崇祯十七年，1644）五月初三首先建立。
由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京。
五月十五日即皇帝位，年号弘光。
朱由崧，明神宗之孙，福王朱常洵之子。初封德昌王，进封世子。崇祯十六年嗣封福王。次年初，农民军扫荡北方，朱由崧流亡淮上。时南京之明残余势力议择君以定南都，然后挥师北上。曾出现拥潞王与拥福王之争，最后马士英恃势逼史可法等同意立福王朱由崧为帝。马士英等以拥戴有功，把持朝政，起用阉党余孽，贪赃枉法，与高弘图等东林余党针锋相对。清顺治二年三月，宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。随后，清军渡长江，克镇江。弘光帝被迫出奔芜湖。五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降；二十二日朱由崧被获，解北京处死。弘光政权覆灭。
隆武政权
顺治二年闰六月初七，明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等，奉唐王朱聿键称监国于福州。
闰六月二十七日称帝，改福州为天兴府，以是年为隆武元年。
朱聿键，朱元璋九世孙，端王朱硕熿之孙。崇祯五年嗣立唐王，九年因率兵勤王擅离南阳获罪，弘光时获释。顺治二年五月避乱经杭州，适南都已亡，郑鸿逵等迎之入闽。隆武政权建立之初，俨然有所作为，集廷臣议抗清战守。即位不及半月，即下诏亲征，影响颇大。江浙、安徽、江西各地义军纷起，响应抗清号召。然而军政大权掌握在地方实力派郑芝龙手里，隆武本人也为其挟制，实际并无建树。
三年七月，清军攻下浙东浙南，即挥师南下。
郑芝龙暗中与清军洽降，撤兵还安平镇。福建门户敞开，清军长驱直入。隆武帝出奔汀州，八月二十八日被清军追及擒*，隆武政权灭亡。
鲁王监国
清顺治二年闰六月二十八日，在浙江余姚、会稽、鄞县等地抗清义军及故明官吏缙绅的扶持下，明鲁王朱以海监国于绍兴。朱以海，朱元璋十世孙，鲁王朱寿镛第五子。崇祯十七年二月嗣王位。鲁王政权建立后，控制浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，拥有浙中义师及原明总兵方国安、王之仁部，且凭借钱塘江天险，曾汇兵合攻杭州。
