孤军营里成立的孤军篮球队，曾经和上海租界内的多支篮球队举行友谊赛

孤军营士兵在练习木工技艺

然而这样井然有序的日子没有持续多久，在八百壮士们受困孤军营的这段日子里，抗战的形势已经极为严峻。1937年12月南京沦陷，日军制造了骇人听闻的南京大屠*。1938年日军大举向中国内陆进军，国军虽在台儿庄一战中创造了大捷的奇迹，但终因寡不敌众而节节败退。同时，日本也积极扶持汉奸当局，为侵略战争充当马前卒。1940年汪氏上台，同年11月陈公博被汪伪任命为伪上海市市长。面对在上海民众中拥有极高声望的孤军官兵，陈公博出于培植己方势力，提高自身威望的目的，屡次派汉奸前往孤军营对谢晋元等官兵劝降，均被严词拒绝。

不久，陈公博亲自前往孤军营会见谢晋元，亦被谢当面骂走。视军人荣誉甚过生命的谢晋元，此时也预感到汪伪要对孤军营下手了，他甚至给家人预留了遗嘱，其中写道：“人生必有一死，此时此境而死，实人生之快事也！”如他当初决心死守四行仓库一样大义凌然。

1941年4月24日，在孤军营官兵日常出早操时，4名被陈公博收买的孤军叛徒，手持利刃围攻谢晋元，谢被伤及要害，当日下午去世。一代抗日英雄，没有死在敌人的枪口下，却亡于叛徒的刀下，实在让人扼腕。随后在孤军营的大礼堂，官兵为他们的老团长举行了哀悼仪式，听闻噩耗的上海市民再次蜂拥而至，不少人眼含着热泪，瞻仰英雄的遗容，送谢团长最后一程。而就在前一年，辗转来到大后方的1营营长杨瑞符，也因旧伤复发而在重庆离世。

辗转回到大后方，并在医院养伤的1营营长杨瑞符

谢晋元遇刺牺牲后，孤军营官兵在上官志标与雷雄的带领下，依然照常坚持训练。直到太平洋战争爆发，日本彻底与列强撕破脸，派兵冲进租界接管孤军营，这些孤军将士后来悉数被强征入劳工队列，被派遣到沦陷区各地做苦力，其中甚至有86人被押往南洋各岛屿为日军挖战壕修工事，其间有部分官兵趁机逃脱，辗转回到后方归队，更有不少官兵被日军折磨致死。到抗战结束时，活下来的四行仓库孤军不过100余人，他们聚集到一起，回到曾经的战场故地一同悼念他们的谢团长。

谢晋元遇刺牺牲后，官兵将其棺椁抬入灵堂