贝加尔湖的形成和地质运动有关,贝加尔湖位于亚欧板块以及阿穆尔板块之间,由于这两个板块之间不断远离,导致板块之间形成了大峡谷,后来逐渐演化出湖泊,甚至能够演化出海洋。
由于位于板块之间的地区,经常会爆发地质灾害,比如:火山或者地震,而这些地质灾害又会加剧贝加尔湖的拓展程度,使得贝加尔湖的湖面面积不断扩大,深度不断增加,以至于成为世界上最深的湖泊。
贝加尔湖当地的降雨量较少,湖中的水资源主要来自于周围河流的补给,其中色楞格河是贝加尔湖的主要补给河流,占据了湖泊水量的50%以上。除了色楞格河之外,贝加尔湖还有335条补给河流,河流的流域面积达到了56万平方公里。
贝加尔湖的流出河流只有安加拉河,而且年均流量只有1870m³/s。
流入的淡水资源多,再加上流出的淡水资源少,而且贝加尔湖当地气温较低,每年有长时间的冰封时期,因此贝加尔湖的蒸发量小,使得淡水能够不断稀释湖泊中积累的矿物质,因此贝加尔湖属于淡水湖。
而同样是内陆湖的青海湖,由于蒸发量较大则成为了咸水湖。