种茎的粗细、老嫩与薯块产量有密切的关系，而且老熟的大茎，抗旱抗寒力较强，收藏越冬安全率也较高。所以，不仅在下种前要选种，亦应在收获时结合砍收进行选留贮藏。最好是能按生产计划建立留种田，在正常种植密度情况，及时间苗，每穴留一单株，并加工加肥，促其杆粗节密。这样，一亩留种地的种茎，一般可种5~7亩。

木薯的种茎不能耐低温，气温降到14度以下，即有被冻伤的危险。因此，为安全起见，气温下降到14度前，应当进行贮藏。如何贮藏呢？主要是根据当地冬季气温的高低和霜期的长短而定。一般说来，年平均气温在22度以上，元月份气温在14度以上的较温暖地区，如广西的陆川、博白等地，可以采用简单贮藏法；年平均气温在20度以下，元月份气温在10度以下较寒冷地区，如广西的柳江以北一带，则须挖较深的地窖贮藏；年平均气温在21度以上、22度以下，元月份平均气温在13度以上，14度以下的地区，如广西的贵县一带，则采取沟藏法。

将砍去枝又的主茎，最好连老种茎（莞头）一起，直立堆放在荫蔽而又背北的地方，如房屋旁边，有树荫的山坑坡脚、旱塘边等。贮藏地的地面用锄锄松或挖成浅坑，有白蚁的地方先撒一些农药防蚁。堆放时要使每一条种茎的下端或老莞头接触湿润的松土。四周培细土约1.5尺，然后用茅草，蔗叶等稍加遮盖即可。

选排水良好背北的冬闲坡地，挖宽4~5尺，深约1~2尺的长形沟，将已削去枝又的种茎，整齐地纵放在沟内，堆高3尺左右，中间再堆高一些，使成龟背形。顶上盖些蔗叶或干草，然后从两边培土，并让部分碎土渗漏入种茎间隙中，使其对沟内湿度起调节作用。初次培土厚约3~4寸，天冷加厚一些，天暖减薄一些。培土始终保持沟面成龟背形，同时四周要开通排水沟，严防雨水流入藏种沟内。这种贮藏法还要注意如下几点：