鸡粪泡水两三天是不能用来浇菜的，如果鸡粪不被处理或腐熟不好而直接施用到作物上，则存在很大的隐患，主要表现在这几方面：
作物烧根烧苗如果没有经过发酵或发酵不完全的鸡粪施到地里后，当土壤达到合适的温度时，鸡粪就会发酵，发酵产生的热量会烧坏作物的根系，出现烂根、黑根、黄叶，严重时导致植株死亡。尤其是冬季大棚种植，新鲜鸡粪二次发酵导致的烧根烧苗更为严重，
传染病虫害新鲜鸡粪中含有大肠菌、根结线虫等病菌和害虫，直接使用会传播病虫害，导致农作物生虫发病。这其中线虫卵极易孵化，而且对化学药剂有极强的趋避性，所以非常难根治。因此，鸡粪未经过发酵就直接施用到土壤中会带来线虫的危害。
新鲜鸡粪含有大量汞、铬、镉、铅、砷等重金属，如果不发酵处理就会造成农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，给人类健康带来巨大隐患。
破坏土壤酸碱平衡新鲜鸡粪中氯化钠盐含量较高，氯化钠盐不仅具有很强的腐蚀作用，还会破坏土壤中的酸碱平衡，而且土壤中的酸碱度一旦失去平衡，再种植任何作物存活率都会不高。
因此农业生产中，在施用鸡粪必须经过充分的发酵腐熟，发酵方法有两种
干鸡粪发酵将干鸡粪在干净的水泥地上铺好，往鸡粪上洒水，洒水的比例为鸡粪重量的40%，等到水分完全吸收后，再均匀撒上发酵粉（用量为每吨鸡粪用发酵粉1公斤）、草粉和去除臭味的过磷酸钙，相对湿度调为65%（手握成团指缝能见水不往下滴为宜）最后将鸡粪堆成堆，用塑料膜布覆盖。
如果在夏季气温较高的时候，每天早晚揭开膜布通风透气1次，每次1-2小时。当发酵到第10天时要揭开膜进行翻堆，翻均匀后盖上膜布，20天左右即可发酵成功，成为优质的有机肥料。
湿鸡粪因为水分重，发酵时先要在水泥地上铺一层隔垫物（可以用米糠、秸秆粉、花生壳粉等），再将湿鸡粪均匀铺上，撒入1%的尿素、15公斤过磷酸钙，0.5公斤发酵粉，用秸秆粉调节湿度，相对湿度为65%（以手握成团指缝见水不滴为宜）。将所有原料翻拌均匀后堆成长形堆，用膜布盖好保湿升温发酵。发酵期间的管理同干鸡粪发酵，但湿鸡粪水分比较重，需要注意通风换气。
