黄蜡石属于典型的N次变质岩，它是硅酸盐热液填充变质岩缝隙结晶形成，内部有杂质和棉点，不规则构造裂较多，且内部组成不均匀。常伴生有水晶腔，有的发育完全则填满空腔，也有的发育不完全尚能看见细小的水晶体。其与母岩的边界通常呈条带状纹理，中间杂质呈分层包裹状纹理。

两端尚存在变质母岩

硅酸盐热液二次侵入

因硅酸盐热液的温度、压力、填充环境、冷却环境等因素不同，所以形成的黄蜡石粗细不一，其颜色、纹理、内裂、杂质含量等也有所不同，主要成分为二氧化硅。

含有黄蜡石的变质岩经风化破碎形成坡积层，后经过洪水冲刷进入河道，在河道中长时间碰撞打磨形成卵石，由于两侧母岩硬度不如黄蜡石，母岩遂被冲磨殆尽，所以常形成黄蜡石，这就是石者时常发现板状黄蜡石的原因。由于早期硅酸盐热液侵入前，母岩空腔已经形成方解石、碳酸钙等碳酸盐结晶层，硅酸盐热液填充密实后就存在碳酸盐类隔离层。两侧的碳酸盐隔离层硬度相对较低所以在河流中冲磨脱落，形成具有一定规则的凹坑或缝隙纹理，俗称“金印”。

方解石隔离层脱落形成的“金印”

经过河流冲刷或风化的黄蜡石常带有一层颜色较深的石皮。黄蜡石的颜色变化范围较大，主要颜色有橙黄、橘黄、褐黄、乳白色、暗红、粉红等。通过打灯可以观察其透光性和内部裂纹。