在小说和电视剧《琅琊榜》中，萧元启是长林王府的一个重要角色。当长林王逝世时，他哭的原因可能涉及多个方面：

1. 家族情感：长林王对萧元启来说不仅是家族中的长辈，还是他的导师和精神支柱。长林王的去世无疑给他带来了巨大的打击。

2. 政治权力的丧失：随着长林王的去世，萧元启失去了一个重要的政治依靠。长林王生前的影响力和支持使得萧元启在朝中有一定的地位，但随着长林王的离去，他的政治地位受到了严重的威胁。

3. 对未来的恐惧和不安：长林王的去世意味着长林王府的衰落，这对于萧元启来说无疑是一个巨大的挑战。他可能对即将到来的政治风暴感到担忧和不安。

4. 对平旌的情感：萧平旌与萧元启之间存在着复杂的关系。尽管他们有时是竞争对手，但他们也有着深厚的家族情感。看到长林王府的衰落和平旌被迫归隐，萧元启可能会为这两位他所关心的人的命运感到悲伤。