2000坐标系采用的高程系统主要有两种，即国家高程基准和区域高程基准。

国家高程基准是指采用“1985国家高程基准”作为基准高程的坐标系。该基准主要是通过在全国范围内设置高程定位点，经过多次测量和精细计算，建立起的高程基准。在该基准下，中国全国的高程数据可相互比较，较为精准。在国家高程基准下，高程值用米（m）来表示。

区域高程基准是指采用区域性地形基准作为基准高程的坐标系，如北京市采用“北京平面坐标系-高程标准”作为高程基准，上海市采用“上海市高程基准”作为高程基准等。在该基准下，高程值用“北京高（或上海高）”或“市高（或区高）”来表示。区域高程基准主要适用于地方政府和企事业单位所需的地理信息系统、电子政务等应用领域。

需要注意的是，2000坐标系与高程基准有所区别，2000坐标系是我国国家统一的平面直角坐标系，用于地图制图和测量。