小智死了皮卡丘哭了不是TV版的剧情内容，而是剧场版《精灵宝可梦：就决定是你了！》的内容。这一段出现在78:45左右。小智还有他的同伴们跟玛夏多以及被精神操纵的神奇宝贝战斗，双方打得难舍难分，玛夏多的力量和皮卡丘的十万伏特交错之后产生了爆炸，此时的皮卡丘伤痕累累，玛夏多也受伤了。

此时受到精神操纵的一系列神奇宝贝开始攻击小智等人。小智为了救皮卡丘，让它躲进精灵球，然而皮卡丘想要挡住攻击冲向前，小智一个箭步就把皮卡丘抱在怀里，第二轮攻击的时候，小智把皮卡丘收入了精灵球，自己挡住了攻击。皮卡丘无碍，而小智变成了泡沫。

皮卡丘从球里出来之后，一脸懵圈，看到小智消失之后，一阵痛哭。这一幕也是《精灵宝可梦：就决定是你了！》最经典的名场面，当然，最后小智被复活了。还跟凤王进行了一场决斗。