太阳花也有缺点，主要有两个方面，一个是生长周期长，短时间内无法开花。另外一个是可能会变异，比如你收集的重瓣太阳花的种子，播种出来开的是单瓣的花。太阳花从播种到开花，大约需要80~90天，也就是现在播种，可能要到六月才能开花。太阳花的遗传性不稳定，种子播种很容易变异，导致花色、花瓣的多少、花型等都会和母株不太一样。这也是很多花友每年买的是重瓣太阳花，种出来是单瓣太阳花的原因。

种植重瓣太阳花的缺点是:“必须要剔除劣变的单瓣植株，发现就拔掉，不然因为单瓣优势，过几年全变成单瓣了”。