据统计，在过去的20年间，全球小熊猫的数量骤降至50%。目前，野生小熊猫数量不足2500只。

小熊猫濒危的原因，除了栖息地退化以及森林砍伐导致栖息地丧失或破碎，比如在印度 的Darjeeling，小熊猫栖息地破碎为两个孤立的区域， 呈岛屿状圆。又如我国相岭山系和邛峡山系原本是连为一体的整体（相岭山系为邛峡山系向南延伸的山 脉），因川藏公路和川滇公路的贯通，以及沿线森林采伐，20世纪40年代二者被分割。因此，小熊猫分布范围在中国不断向西部高山峡谷地区退缩。原有分布区陕西、甘肃、青海和 贵州已无小熊猫分布。其现行分布区退缩到我国西南和西藏。

除此之外，受到栖息地减少和片断化的双重影响。栖息地减少和片断化不仅导致了种群遗传多样性的丧失，而且也因遗传漂变和近亲繁殖的不断增加而进一步加剧了小熊猫的濒危程度。此外，家畜的一些疾病，如羊、牛的疾病，可以传染给小熊猫，进一步威胁其种群的存续。

不过，小熊猫濒危最主要的还是和人类有关，因为小熊猫长得非常可爱、萌，盗猎者打上了小熊猫毛皮的主意，小熊猫自身防卫能力差，遇到紧急情况时只会爬树避难，很容易被猎人抓捕。他们残忍*害小熊猫，扒掉它们的皮毛，做成帽子或衣服，再高价出售给买家。

而这背后，究其原因，还是违法成本低，大熊猫享受“国宝级”的待遇，只要捕猎一只即视为情节特别严重，就会受到严惩，而且保护力度也很强，背后有充足的人力和资金支持。而小熊猫作为二级保护动物，无论是惩罚程度还是保护力度，都远远低于大熊猫，这也导致了中国近些年依然有盗猎小熊猫事件发生

除了皮毛，更有一些人打着“以爱之名”的幌子，私自圈养活体小熊猫。小熊猫具有相对较长的繁殖周期和较低的繁殖率，且幼仔死亡率较高，一旦种群数量衰退，就难以恢复。

小熊猫根据形态和生物地理的差异，将其分为两个亚种甚至两个物种——喜马拉雅小熊猫（A.fulgens）和中国小熊猫（Ailurus styani）。而2020年3月，由中科院研究团队发表在《Science Advances》杂志上的一篇研究显示，原来以为属于同一个物种的“中华小熊猫”和“喜玛拉雅小熊猫”，其实是两个不同的物种。遗传研究为物种分化第一次提供了全面的证据，证明它们其实是独立的物种。