汉代的马种主要有以下几种：

- 蒙古矮种马：这是汉代主要的马种之一，具有长而飘逸的鬃毛、额毛以及粗大的尾巴。它们通常身体较矮，脖颈短粗，腿也比较短小，显示着蒙古矮种马的特征。

- 河曲马：这种马主要分布在甘肃、青海一带，属于蒙古马系列的品种。它们个子小，四肢粗壮，颈短臀圆，胸宽背阔，力气大，耐力强，但奔跑速度较低。

- 汗血宝马：汉武帝时期，通过战争和外交手段得到了大宛的汗血宝马，这种马以其出色的速度和耐力而闻名。

此外，汉代可能还有其他一些马种，如骡子等杂交品种。这些马种在汉代的军事、交通和农业等方面都发挥了重要作用。