秦汉时期的医学书籍颇丰，有四大类
1.“医经者，原人血脉经（络）［落］骨髓阴阳表里，以起百病之本，死生之分，而用度箴石汤火所施，调百药齐和之所宜……。 《黄帝内经》18卷、《外经》37卷，《扁鹊内经》9卷、《外经》12卷、《白氏内经》38卷、《外经》36卷、《旁篇》25卷 。
2. “经方者，本草石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，固气感之宜，辨五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。及夫其宜者，以热益热，以寒增寒，精气内伤，不见于外，是所独知也，书目有：《五藏六府痹十二病方》30卷，《五藏六府疝十六病方》40卷，《五藏六府瘅十二病方》40卷，《风寒热十六病方）26卷，《秦始黄帝扁鹊俞拊方》23卷，《五藏伤中十一病方）31卷，《客疾五藏狂颠病方》17卷，《金疮瘛疭方》30卷，《妇人婴儿方》19卷，《汤液经法》32卷，《神农黄帝食禁》7卷，共计11部，288卷 。
3.房中性医学涉及男科、妇科书目有：《客成阴道》26卷，《务成子阴道》36卷，《尧舜阴道》23卷，《汤盘庚阴道》20卷、《天老杂子阴道》25卷，《天一阴道》24卷，《黄帝三王养阳方》20卷，《三家内房有子方》17卷。 （原书谓186卷）。
4.神仙者，所以保性命之真。有导引、气功、按摩、炼丹、服食芝菌等养生保健内容的神仙类书如：《黄帝歧伯按摩》10卷，《黄帝杂子芝菌》18卷，《黄帝杂子十九家方》21卷，《泰壹杂子十五家方》22卷，《神农杂子技道》23卷，《泰始杂子黄冶》31卷等 。
秦汉时医书托传说圣贤、医人和神话人物较多，如《淮南子·修务训》所言：“世俗之人多尊古而贱今，故为道者必托之于神农、黄帝而后能入说。” 汉代小学的发展也促进着医药文献的整理研究。《尔雅》是中国最旱解释包含医药知识词义的专著，西汉·史游的《急就篇》作为一本启蒙书，叙有百余种可入药的动植物，60多个人体部位器官名，70多种疾病以及卫生知识，以七言歌诀的格式来记载。
东汉·许慎的《说文解字》对疾病的解释，对药物和有关医事的注解，都包含丰富的资料，该书涉及药物和病名各数百种，是后世医药文献注释的重要参考书。
东汉时，一些学者在注释经史中，涉及不少医学内容，如郑玄注《周礼》、《周易》、《寺经》等。高诱注《战国策》、《淮南子》、《吕氏春秋》等。上述种种虽然不是医药学专著，但在众多医药卫生专著散佚的情况下却可以反映出两汉时期医药卫生知识在文人学士中已得到普及，这也可以反证其时医药学发展的水平。
秦汉时期对医书的整理与保存，使得一些医书得以流传下来，为后世医学的发展和进步做出了卓越的贡献。
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