这一节补充之前的MD教程（此处可链接），增加提取键角的脚本。

这一节内容如下：提取 温度，能量，键长，键角，以及使用matplotlib绘图

MD计算完成后，我们需要OSZICAR，XDATCAR这两个文件来提取数据

步数、温度、能量

1.1 提取步数、温度、能量的脚本命令如下

（这里取名为get-temp-energy.sh），直接运行如下命令：

grep T= OSZICAR|awk '{print $1"\t", $3, "\t" $5}' >result.dat

或者运行命令 sh get-temp-energy.sh

产生result.dat

1.2. 绘图，可以使用脚本

plt-Energy.py, plt-Temperature.py 绘图，或者读者将result.dat拿到origin绘图。

键长、键角

2.1 键长

运行命令 python MD-bond.py 产生bond.dat

2.2 键角

运行命令 python MD-angle.py 产生angle.dat

2.3 使用脚本plt-bond.py 绘图 bond.dat

2.4 参数

其中MD-bond.py 中 b1，b2是第一、二个原子的序号（两个原子之间的键长）

MD-angle.py 中 b1，b2， b3 是第一、二、三个原子的序号（三个原子夹角）

结果

脚本获取

链接: https://pan.baidu.com/s/1sBJykv7oLJx1fUz0-E4xCA

提取码: 6x24

尾巴

下一节可能会在python入门系列中讲这些脚本的算法逻辑。

拿脚本之前，请留下你的小手手