“我觉得小孩子本身就是很好玩的群体，有自己痴迷领域的小朋友，便是更好玩的一个群体。”孙超将《小小少年》的主题定义为“痴迷”，在她看来，孩子们勇于追求自己喜欢的事情的样子非常有魅力，值得记录并呈现。B站纪录片制作中心高级顾问朱贤亮说，“追梦”是纪录片的核心主题，展现孩子成长过程中为所爱之事努力和热爱的样子，对所有人都会有启发。
确定了“痴迷”主题，暂定了艺术、科技、自然、运动等6个宽泛的领域后，创作团队就开始调研寻找拍摄对象，至于能得到什么样的故事，那就看孩子们的了。
广撒网，是找孩子的第一步。孙超的“标准”是孩子们来自全国各地不同的城市、不同的生活环境、不同的家庭；其次是尽量没有被曝光过的孩子，“我们希望这些孩子的故事是非常原始纯粹的状态。”
故事精彩且有人格魅力，奔着这样的期望去寻找拍摄对象，结果大大超过了主创团队的预期，“我们遇到的孩子都很有人格魅力。”
确定拍摄的第一个孩子是生活在云南脱贫乡村的小云儿，走遍全国知名舞蹈学校后，孙超在北京舞蹈学院遇到了彩云计划发起人关於，第一次见面，两人从中午12点聊到深夜12点，孙超从关於的口中听到了小云儿、叮当、珠花、舍媚、蒂姆、柯依等名字，当听到肉铺里跳芭蕾的故事，孙超激动起来，“这样的故事不拍还拍什么？”更幸运的是，那时关於还没有收小云儿为徒，可以从头拍摄小云儿遇到彩云计划的故事。
孙超在导演手记中写道，“虽然他们的背景和专注的领域各不相同，但是他们都沉浸在‘忘我之境’里，那种迷人的状态深深地打动了我们，我们也希望把这种珍贵的感动和妙趣横生的体验以影像的方式分享给观众。”
“他们做什么，我们就拍什么”小云儿从猪肉铺舞到央视舞台、陶启泽与张宇晨从实验室到赛场、李莲怡娜跨越千里参加比赛等，创作团队平实地记录，将少年的成长过程呈现到观众面前，片中全程没有解说词，故事自然流动。
孙超说，纪录片从策划之初就确定了无解说词的手法，一方面是希望纪录片以纯纪实的方式呈现，另一方面避免成年人的解读和引导，“小朋友都有非常丰富的思想，他们的表达更好玩”。
《小小少年》每一集的标题都很别出心裁，第一集“那夺云”用了谐音，第二集“5449”是机器人战队的名称，第4集“HelloKitty”代表了世俗对女孩的刻板印象，每一个都巧妙与少年本身联动。
“第3集的‘自然之道’则是拍摄对象殷然自己取的标题，当时我只是觉得不要大人的视角，就想听听孩子希望片子是什么样，结果他竟然已经起了名字。”《小小少年》在跟着殷然走进虫子世界时，也原样呈现出殷然独特的世界观，“虫子害益之分是人为定义”等观点令人深思。当殷然提出要在结尾留下一个小纸条时，主创团队采纳了意见。
“他们做什么，我们就拍什么”。《小小少年》的创作过程，不带设计和干预，除了在一些可预判的事情上蹲点，想捕捉到真实又具备戏剧冲突的故事，只能花大量时间等待，孙超说：“能拍到什么，谁也不知道。”
未知的等待总是磨人的，每天都有突发状况要紧急处理、拍摄机位临时调动、四五百个小时的素材，还有年近40的摄影师扛着几十斤的设备追着孩子跑，耗时又耗力。但“和孩子们相处带给我们的快乐，远远盖过了这些困难带给我们的焦虑。”
不确定性往往也会带来惊喜，“很多时候我们花时间去蹲点，没有等到预判中的事，都会遇到另外一个精彩的故事。”第一集里，小云儿父母的两次“叛逆”行为成为当集弹幕量最高点：访谈节目前，关於强调父母不要特意教小云儿怎么对答，下一个镜头就是一家三口在排练对话，本着“再拍一点”的想法，摄制组意外收获了这个“人间真实”的场景。
