庆余年的故事背景从人类大灭绝开始，由于人类互相丢核弹，导致地球陷入毁灭，核辐射充斥在大气层以内，残存的人类文明直接倒退回原始时代。

有一所军事科技博物馆由于身处极地而避免了被摧毁的命运，博物馆内的智能电脑分析了出一个神奇的结果：人类文明的进步只能造成人类的灭绝和大自然的毁灭。

因此为了“保护”人类，这个人工智能博物馆通过馆内残留的高级机器人们寻访世界各地的幸存人类，在教导他们生存的基本技能时，不时的压制人类文明的发展，让人类文明始终停留在封建时代。

这个博物馆在人类文明中被称作神庙，而它派出的机器人使者就成了神庙使者。其中脸上蒙着黑布的少年五竹就是神庙使者中最有风度最帅且存在感最高的机器人，他不仅受神庙驱使，本身也有一定的智能。

人类社会在神庙的刻意控制下一直处于冷兵器农业文明时代，此时大陆上有三个国家：

南庆：军力强大，但是文化相对落后，可以当成我们历史中的秦国。

北齐：文化事业先进，但贵族耽于享乐，因此不思进取，军事上长期被南庆压制。

东夷城：港口城市，因为商业发达而不设置城墙，自由之邦，只有城主而没有国王。

工科女博士叶轻眉穿越到故事所在时代，她进入神庙，带走了机器人中最强的五竹、一些武学秘籍和一把狙击枪。

她利用觊觎神庙秘密来北极探访神庙的肖恩和苦荷大师离开神庙，苦荷因此机缘获得突破，成为大宗师，他扶持北齐皇室，成为北齐守护神，创立天一道。

叶轻眉的志向是推动人类文明的进步，推进科技和民主制度，于是她先选择在东夷城经商，想要通过工商业的发展来促进时代进步，但她发现商业再发达也只能为权贵创造财富，还是得从政治上着手。于是她带着五竹去了当时政局混乱，却民风剽悍、军力强悍的庆国。在东夷城期间，她认识了四顾剑，顺便点化了他，第二位大宗师出现。

四顾剑是大宗师中唯一广收门徒的，因此东夷城剑庐拥有当代最多的九品高手，进一步巩固了东夷城中立的地位。

叶轻眉在庆国认识了当时还是不受宠王族的庆帝，以及庆帝的仆人陈萍萍、奶兄弟范建，三人都倾慕叶轻眉。

这个期间叶轻眉给了庆帝霸道真气功法，但霸道真气修炼见效慢且需要经脉尽断才能升级成王道真气，这让年轻庆帝始终没有能够达到宗师水准。后来的一次远征中庆帝受伤导致经脉尽断，无意间练成王道真气，成为第三位大宗师，陈萍萍在庆帝受伤期间为了保护他而失去双腿，从此以后只能靠轮椅代步。

叶轻眉想要借助庆帝来实现自己的抱负，于是用狙击枪干掉了庆帝的对手助他登基当皇帝，并且用内库的商品赚取财富支撑庆帝坐稳皇位，这个期间庆国鉴（监）察院成立，陈萍萍当仁不让担任院长，按照叶轻眉的设想，这个监察院其实是监察皇帝的，用来制约皇权。

叶轻眉进京都时，京都望族叶家的顶级高手叶流云和五竹打架，被吊打后顿悟，有了成为宗师的资本，也就是第四位大宗师。

因此后来加上庆国皇宫内的洪太监有九品巅峰实力，对外宣称是宗师，世人都知道庆国拥有了两位大宗师，加上军事力量最强，庆国成为当代最强国家。

只是北齐和东夷城都拥有大宗师，北齐国土广阔、东夷城有钱，庆国也暂时做不到一统。

叶轻眉在庆国的一系列改革中因为不被理解深感孤独，于是借种庆帝，怀上了范闲。

此时庆帝已经察觉到叶轻眉开报纸、设立鉴查院、掌控内库，其实是要动摇君主专制，身为腹黑皇帝，他不能忍。

而神庙也发现叶轻眉的出现导致了先进技术的外流，有违它不让人类科技进步的初衷，但碍于五竹的存在，无法直接*死叶轻眉，神庙使者中五竹最强，虽然其他机器人也仅仅比五竹弱一点点，但神庙使者人数非常有限，死一个少一个，神庙在没把握情况下，也不敢轻易派出使者送人头。

同时叶轻眉在庆国的一系列改革和对庆帝的影响力，让太后、皇后等旧贵族忌惮，欲除之而后快。

至此，*叶轻眉的组合成立，庆帝幕后统筹，太后皇后一党冲锋在前，神庙外围策应。

庆帝和神庙通过神庙在庆国的分支机构——庆庙——沟通，让神庙派出使者来把五竹调开，五竹不想让神庙使者接近叶轻眉，于是直接去阻击神庙使者，被调虎离山。

同时庆帝组织对北齐的战争，陈萍萍作为检察院院长要承担战前情报工作，离京；范建作为户部一把手要统筹钱粮，离京。

于是皇后党抓住机会，*掉了叶轻眉，虽然五竹和陈萍萍尽力赶回，也只来得及救下襁褓中的范闲，也就是正篇故事开始处的情节，五竹陈萍萍和范建都认为京城危险，于是五竹带范闲去澹州，交给皇帝的奶妈、范建的母亲照顾。

范闲走后，庆帝率领军队返回庆国都城，以为叶轻眉报仇为理由，将皇后亲族为代表的旧贵族一扫而空，至此完全控制了庆国，庆国军方家族秦家虽然爷参与了*叶轻眉事件，但隐藏较深，没有暴露。

事后靖王、陈萍萍、范建都怀疑庆帝在叶轻眉之死中扮演的角色，各生异心。而庆帝也不能完全信任监察院，遂命令长公主李云睿替皇家掌管内库、组建只忠于皇室的情报组织。

陈萍萍收容四顾剑的弟弟兼仇人影子进入监察院，收容秦家的仇人荆戈进入检察院，陈萍萍还暗中安排用毒大师费介去教育范闲，准备伺机为叶轻眉报仇。

范建则受皇帝托付组建训练皇家虎卫，这批人里不乏只效忠于范建的力量。

靖王爷怀念叶轻眉，无法原谅庆帝，却无力改变什么，只能假装醉心农桑，在家种地排解忧郁。

神庙在这次合作后发现庆帝这种老封建阴谋家很适合压制人类文明的进步，于是干脆决定和庆帝合作，从此庆帝有了和神庙合作的基础。

范闲在澹州长大，从小练习霸道真气上卷，还在五竹的训练下掌握了一定的物理学武术，和费介学了一手医术、毒术。成年后的范闲被范建以私生子身份接回京都。

范建女儿范若若曾经在澹州和范闲度过一些日子，对范闲非常倾慕，两人一直保持书信往来，范闲回京，范若若非常高兴。范若若此时已经是京城有名的才女，和靖王世子李宏成、叶家小姐叶灵儿都是好友。

叶灵儿在和范闲的切磋中落败，佩服之余拜范闲为师，范闲从她这里学到了叶家的流云散手。

范闲回京后迅速折服范建亲儿子范思哲，两人合伙开书店推广《红楼梦》。

范闲在瞎逛中来到庆庙，偶遇庆帝和鸡腿女神林婉儿，林婉儿是长公主和当朝宰相林若甫的私生子，养在皇宫里，深得皇帝和太后喜爱，获封郡主。

范闲刚好得知林婉儿就是自己的未婚妻，于是经常夜带鸡腿会佳人，顺便把婉儿的病治了一下，两人结婚后，范闲委托自己的老师费介为婉儿治病，费介答应了。

林婉儿是长公主李云睿的女儿，因此她老公范闲按照庆帝的安排将代替李云睿掌管内库，于是长公主和范闲走到了对立面。

李云睿先是假装支持太子其实支持二皇子，但其实她是真的支持太子的，因为她和太子有不伦之恋！而她这么搞完全是因为她爱庆帝，庆帝却爱叶轻眉，于是她多年不受重视想要挑唆庆帝儿子互相坑来报复庆帝……

很混乱吧，总之这个女人能量很大，童年时期范闲遭遇的刺*就是她撺掇范思哲亲妈搞得，等范闲进了京城，她又安排了一揽子刺*计划，范闲一一躲过。