工藤新一无缘无故的消失，思念着新一的小兰怀疑起新一是否吃了阿笠博士研制的药变成了柯南，因为柯南的行为举止太像新一了，这也让柯南等人察觉到小兰的怀疑，因此柯南和小哀等人为了解除小兰的怀疑，让柯南服下药变回新一，同时小哀假扮成柯南一起出现，由此打消小兰的怀疑。

在TV的203集至204集中，由于毛利小五郎家的浴室坏掉了，而澡堂刚好公休，柯南就提议去阿笠博士家洗澡，而毛利小五郎就说小兰和柯南一起洗，小兰立刻就激动起来，反驳小五郎，自己为什么非要跟柯南一起洗澡不可，由此可以看出小兰已经怀疑了柯南是其实就是新一。

柯南也感觉到小兰看自己的眼神有点不同，感觉不是年轻女生看小学生一样，柯南与阿笠博士担心小兰是否开始怀疑柯南是新一了。

而后少年侦察队跟着阿笠博士去露营，在森林中发现钟石乳洞，在熊孩子的带领下，柯南被迫跟踪进去一起冒险，却钟石乳洞里碰上了一群搬运尸体的歹徒。

柯南等人不幸的被歹徒发现，然后柯南被歹徒打中一枪，在主角