他们来到史崔克的秘密基地，击败了史崔克的部下后，万磁王和魔形女来到了“超脑”室，此时，万磁王让魔形女变成史崔克的样子，向他儿子下达新的命令，*死所有的人类。关键时刻，暴风女制造风暴打破了幻象，就出了X教授。此时水坝崩塌，洪水泛滥，史崔克被淹死，琴已一人之力，挡住洪水，救下了众人，自己却被淹没在惊涛骇浪之中。

2007年

有一个名叫吉米的光头男孩，他的能力是净化靠近他的变种人。人类通过吉米的基因，研制出了所谓的变种人解药，注射这种解药就能将变成人体内的超能力完全化解掉变成一位普通人，军方便以此密谋，要让全天下的变种人消除变种基因。所以为了保留本族火种，万磁王带着他的兄弟会成员与人类公开为战，琴葛蕾也在其中。

在之前的战斗中，琴为了拯救X战警，舍生取义被巨浪吞没，而这致命的洪水激发了琴体内的另一重人格，让他能化身为毁灭万物的黑凤凰，暴走的秦接连秒*的镭射眼和X教授，在最后一战中释放出了凤凰之力，倾刻间万物化为灰烬。在场的所有英雄都是束手无策，眼看着整座城市都要化作人间炼狱，金刚狼靠着他强大的自愈因子，扛下了黑凤凰一波又一波能量攻击，他挣扎着爬向秦，刺出钢爪含泪*死了此生挚爱黑凤凰，危机结束了。

最后一战后，暴风女出任校长，野兽成了新联合国的外交大使，而丧失了能力的万磁王也慢慢恢复能力。X教授在被琴*死的一瞬间，灵体出窍，附身在了脑死亡的双胞胎弟弟身上，变相起死回生而，痛失所爱的罗根又变成了一匹孤狼，自我放逐。

2013年

一位神秘的日本妹子找到了罗根，表示他的一位故人即将离世，临终前想要感谢当年的救命之恩。这位神秘的故人正是金刚狼在长崎爆炸时拯救下来的那位日本军官，矢志田。