《云南虫谷》虽然尽可能地还原了小说中极具代表性的一些场面，特效制作和气氛烘托都做得很到位，但是剧版确实删减了一些内容。比如小说中雮尘珠和献王的头颅融合的设定，剧版有所改动，还有尸洞的恐怖场景以及雪莉杨拔毒等情节都被删除了。

这些在观众心中非常经典精彩的段落被删减，书粉自然是不满意的。其实与其说不满意，不如说是看得还不够过瘾，心中自然有些遗憾。

另外剧中还新增了遮龙寨村民的戏份，而遮龙寨村民这条线对整个剧情并没有太多的推动意义，以至于观众认为这条叙事线多余，还有些拖累故事主线。

比如主角团一路打怪，用智慧破解机关，而村民在后面一路捡漏，在山神庙直接用炸药炸了他们奉若神明的山神庙，这样的改编观众自然不会满意。