现在动画版一共有8部
1.第一部无印篇
:无印篇分为了关都地区石英联盟篇、橘子群岛橘子联盟篇(动画原创)、城都地区城都联盟篇。第一部也是最经典的,画风是我们小时候看的,最熟悉的画风。
2.第二部超时代
:超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇,和第一部的不同之处是,故事变成了两条主线:一方面小智为了参加丰缘联盟,努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后,则改挑战故乡关都地区的对战开拓区;另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标,挑战各地的华丽大赛取得缎带,参加华丽大型庆典。
3.第三部钻石&珍珠
:小智亦集齐8枚徽章,他在神奥联盟开始比赛,在准决赛惨败于达克多,4强出局。
4.第四部超级愿望
:本系列与前两部的一处大不同是,由于一起旅行的同伴不再是新人协调训练家(小遥和小光都是),因而剧情中基本不会再有前两部中分量颇重的华丽大赛剧情(但有名为“神奇宝贝音乐剧”的类似华丽大赛的设施以及“对战地下铁”),这点和多年前没有华丽大赛时的神奇宝贝无印极为相似。