现在动画版一共有8部

1.第一部无印篇

：无印篇分为了关都地区石英联盟篇、橘子群岛橘子联盟篇（动画原创）、城都地区城都联盟篇。第一部也是最经典的，画风是我们小时候看的，最熟悉的画风。

2.第二部超时代

：超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。

3.第三部钻石&珍珠

：小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟开始比赛，在准决赛惨败于达克多，4强出局。

4.第四部超级愿望

：本系列与前两部的一处大不同是，由于一起旅行的同伴不再是新人协调训练家（小遥和小光都是），因而剧情中基本不会再有前两部中分量颇重的华丽大赛剧情（但有名为“神奇宝贝音乐剧”的类似华丽大赛的设施以及“对战地下铁”），这点和多年前没有华丽大赛时的神奇宝贝无印极为相似。