面对如潮的电子乌贼,人类城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时,“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离,后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体,回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后,守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡,而尼奥却在找到先知之后一无所获。锡安的局势越来越危险,议员及指挥官相继阵亡,机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时,被叛徒射瞎双眼的尼奥,依然想通过希望去实现预言。这时,特工史密斯控制了先知,并变得越来越强大,威胁到了整个“母体”的稳定。在返回锡安的途中,飞船遭到电子乌贼的突袭,崔妮蒂死了,重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中,尼奥答应为了人类和机器的共同利益,去消灭史密斯。于是,“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”
7,《环太平洋1》
《环太平洋1》讲述的太平洋地区海底深处出现了平行宇宙的一个突破点、另一个宇宙里面的怪兽从突破点出来后出现了袭击了旧金山即周围的沿海城市,人类最终使用核弹消灭怪兽,但为此人类也付出了巨大的代价,核弹爆炸过后的区域一片荒凉,从哪以后人类研发了自己的怪兽机甲来对抗海底怪兽期间发生的一系列故事。