众所周知，晓组织中后期的所有人几乎都有精英上忍，以至于达到影级别的实力，大蛇丸能够获得晓组织的认可，也足够说明他的个人实力达到了一定的水平。但是后来到大蛇丸脱离了晓组织，因为此时的她已经不再是对世界充满仇恨的人物，他的理想与抱负与晓组织的信念完全背道而驰，它与药师兜开始了自己的科学实验研究，他在不同的地方建立不同的根据地，根据每一个人物性格不同的特点，利用自己的咒印施加给对方更强大的力量，同而来验证自己的科学实验。

在这一段时间中大蛇丸的科学实验可以说为后来的第四次忍界大战打下了良好的的基础。无论是药师兜还是大蛇丸本人，后来的第四次忍界大战中都得益于大蛇丸的科学忍术。

大蛇丸之所以会收留佐助成为自己的徒弟，并且教导佐助忍术，最主要的原因是大蛇丸希望通过佐助的身体让自己不断的转身。可以说大蛇丸与佐助之间是一种互相利用的关系，只不过佐助率先动手。在他师成出徒之后直接*死了大蛇丸。但是多年以来的战争经验以及求生欲让大蛇丸不会如此轻易的死亡。

尽管佐助砍下了大蛇丸的头颅，但是对于大蛇丸而言，只要咒印在它即是永生的。所以在后面的一段时间内我们都发现，虽然表面上看大蛇丸早已死去，但是他可以说大蛇丸在经历一个漫长的蛰伏期。直到佐助与自己的哥哥宇智波鼬的那一次战斗，消耗所有查克拉的佐助不得不释放出封印在体内的大蛇丸。

尽管如此，宇智波鼬还是利用自己手中的神器封印了大蛇丸的本体八岐大蛇。所有人都认为大蛇丸这一次真的是死透了，但是第四次忍界大战中水月再一次利用咒印复活了大蛇丸。并且大蛇丸的出场，从而改变了第四次忍界大战的整体格局。也是这一次成功的复活让大蛇丸走上了一条洗白之路。

成功复活的大蛇丸在第四次忍界大战中做出了非常多的举动，首先他复活了所有被尸鬼封印的历代火影。通过秽土转生复活的历代火影向佐助讲述了当年宇智波叛变了所有事实的真相，也让宇智波佐助从仇恨的阴影中再一次走出来，坚定了宇智波佐助守护木叶的决心。而被复活的历代火影，对于第四次忍界大战发生了翻天覆地的转变。