来到了世界初始之树，小智等人遭遇了传说中的神奇宝贝三神柱的攻击，它们是这里的守护者，慌乱之下几人逃到了世界树内部，结果没想到遭遇了更大的危机，世界树也有类似生物的构造，它身体中的免疫系统将进来的人类当成了细菌，被吞噬掉的人真的会被消灭掉，前有三神柱的攻击，后有免疫系统的追逐，小智等人陷入了最大的危机。

小智派出了神奇宝贝阻挡追赶过来的钢神柱和岩神柱，逃跑的小遥、小胜和小刚却遭遇了“白细胞”的攻击，另一边跟随而来的武藏和小次郎也是如此，他们的身体完全被吞噬掉了，情急之下只能放出精灵球中的神奇宝贝，并和它们含泪告别，看得人心都碎了。

而就在之后的剧情中，虽然和皮卡丘成功团聚了，但小智也被吞噬掉了，皮神在一边哭得稀里哗啦，就连平时爱搞恶作剧的梦幻也看不下去了，原来梦幻和世界树是共生关系，是它将小智等人救了回来，神奇宝贝动画的故事差点就此完结了。但在之前追逐小智等人的过程中，世界树损耗过于巨大濒临毁灭，你好歹是个存在千万年的神物诶，不要这么轻易地就被毁掉好不好？

最后的最后，路卡利欧透过时间之花看到了过去亚朗所做的事情实际上是为了阻止战争牺牲了自己，最后路卡利欧为了贯彻自己的理念，将自己的波导之力注入世界树的心脏，牺牲了自己，追随了主人勇者亚朗，将小智等人以及和世界树共存的梦幻都救了下来。