黑客帝国IV矩阵重启。

时隔18年，《黑客帝国》终于迎来了新的续作。故事开篇，决战60年后，尼奥在Matrix中复活，但记忆已被清除。他现在是个大名鼎鼎的游戏设计师，《黑客帝国》三部曲就是他的杰作。游戏中的情节总是在他的脑中闪过，让他一度怀疑自己的神经出现问题，所以每周拜访心理医生成了他的必修课。医生总是会给他蓝色小药丸。

尼奥在餐厅偶遇了崔尼蒂，两人都觉得对方似曾相识，尼奥心生好感，于是上前搭讪，只可惜现时的她已为人妻。莫菲斯找到尼奥，并给了他一颗红色药丸，尼奥没有接受。这时大批的武装人员冲出，与莫菲斯干起仗来。游戏公司老板化身特工参与追捕，原来他就是史密斯。

画面一转，尼奥来到心里医生这边，他的思维在现实与游戏之间挣扎，脑补一下，应该是莫菲斯逃离了Matrix而未能带走尼奥。心里医生正在给尼奥洗脑，这时候蓝发女巴戈斯和莫菲斯再次接触上了尼奥，并告知真像。莫菲斯又拿出红蓝药丸给他选择，这次尼奥终于选择了红色药丸。

尼奥将手穿过镜子，见到了另一边的心理医生。医生想把尼奥拽过去，被巴戈斯制止。Matrix和现实世界不再是靠电话传送，而是通过镜子穿梭。这时一队武装人员又来捣乱，列车上经过一番激烈缠斗，尼奥通过镜子回到了我们熟悉的锡安。