与此同时，穆德的搭档斯嘉丽加入了X档案部门，斯嘉丽作为一个受过资本主义高等教育的唯物论者，也是一位职业医生。斯嘉丽当然不是自愿加入X档案部门的，是被直接指派的。指派斯嘉丽和穆德搭档有几个层面的目的，首先从辛迪加的这个层面来说，穆德从小就暴露出了很强的求知欲和对真相的追求，而且对童年妹妹被绑架如鲠在喉，虽然穆德以一己之力闹出大风浪的可能性不大，但作为辛迪加成员的家人，也是不得不防，所以有个中规中矩的职业女性可以起到贴身监视的目的。对于FBI而言，对穆德这种搞神棍的，还是得有个人看着他，避免他搞出什么特别玄幻的事来，让局里下不来台。有个人能在他过分的时候把他往回拉一下。从这个角度来说，穆德和斯嘉丽的关系有点类似于，夏洛克和华生的关系。
而对于斯嘉丽本人来说，身为新人的她对被指派到怪人穆德这里和他一起搞神棍是有些许的不爽的，但她对穆德以及X档案也有很大的好奇心，另一方面，也有她希望用自己的知识和科学打败穆德的神棍主义的成分。
于是一个追求真相的固执男青年，一个想怼神棍的自信女青年，开始了她们的追求真相之旅。
整个故事的正片以集为单位大概分成两种剧集，故事剧集和主线剧集。
故事剧集一般一集就是一个小故事，都是涉及各种神秘现象的案件。灵魂出窍、鬼神出没；生化怪物、突变异种；超能力、时间旅行，总之是脑洞大开，把美国的各种都市传奇里的奇谈怪论基本都涉及了个遍。
主线剧集每一季都会有2-5集不等，主要讲述的是穆德和斯嘉丽通过偶然泄露出来的有关辛迪加和黑油灰的一点点线索，抽丝剥茧，寻找事实的真相。
在这个过程中，穆德逐渐得知了辛迪加和黑油灰的幕后协议，也逐渐意识到自己果然是too yang too sinple。原来只想找回自己妹妹，顺便揭秘个外星人啥的，没想到自己就扯进了关乎人类生死存亡的大阴谋。而斯嘉丽，从一开始的略带嘲讽，到震惊，再到不得不相信，彻底成为了穆德的同伴。
在穆德和斯嘉丽以及伙伴们的不断追逐揭秘下，辛迪加和黑油灰的协议在执行过程中也逐渐深入，并且出现了重大的转变：
1.由于穆德的调查不断深入，辛迪加内部对穆德的态度从观察监视，逐渐变得激进，我入地狱派甚至数次进行了实质性的刺*行动，虽然未成功，但也在一定程度上延缓和阻碍了穆德的调查。圣母派则表现出了相对的宽容甚至有些方面给予了背地里的支持，因为圣母派认为借由穆德这个媒介，逐渐将真相向大众释放，符合他们的宗旨。这也是穆德能一直活着的原因之一。
2.纯种灰对协议（包括辛迪加隐藏在协议下的反抗计划）进行了大肆的破坏，对纯种控制和散布疫苗计划都造成较大影响。
3.赏金猎人的介入，赏金猎人从剧中推测应该是黑油灰派出的直接执行者，在某些行动中受辛迪加指挥。赏金猎人，一方面是辛迪加的监视者，监督辛迪加对协议的执行，另一方面也会直接执行一些任务，保证协议的执行。辛迪加对赏金猎人的态度是极其谨慎的，一方面他有可能发现反抗计划，另一方面有时候又需要他去执行困难的任务。
4.俄国人独立研制了不稳定的黑油疫苗，但似乎这个研究并没有用于疫苗散布计划中，可能辛迪加还在等待黑油灰给予的稳定疫苗。
5.隐藏在纯种控制计划下的人类增强计划有了成果，第一例人类、外星人混血终于诞生，辛迪加隐瞒失败，黑油灰决定加速殖民计划。
剧情到这里已经来到了高潮部分，穆德已经基本了解了事情的真相，他面临选择，是保持沉默，还是向大众传播真相，又或者像我入地狱派一样，凭一己之力和黑油灰斗争到底？
而对于辛迪加而言，对黑油灰骤然加速的殖民计划毫无防备，做出一定抵抗后只好按照协议，停止活动，接受黑油灰的保护。
黑油灰暴露了自己真实的目的，纯种控制计划真正的目的是把全人类变成外星混血，随后让外星混血成为孵化黑油灰的载体，把全体人类当成孵化器。
正剧的结局就此到来，黑油灰决定加速殖民计划，时间大约是2012年，为了控制局势，黑油灰派出了另一类强化人：超级战士，对穆德等人和部分我入地狱派进行了打击。辛迪加全体在集合等待黑油灰庇护的时候，遭到纯种灰的攻击，全灭。在黑油灰的控制下，当局对穆德进行了一场“末日审判”（其实就是回顾和补完部分剧情），随后穆德在朋友们的拼死帮助下逃脱，迎着一轮红日，走向未知……
至此，X档案的正片剧终。。。。。。
在这里要说明，X档案的结局具有相当的开放性，不同的人可能会有不同理解，这里我们说的只是剧情的客观描述。
下面我们讲一些有关剧情的重点：
首先就是每部封面及每集片头都会出现的导语“the truth is out there”。这句话可谓相当精妙，不同的人有不同的理解，但大体上可以有以下几种解释。对于穆德等人来说，这句话的意思是真相就在那里，等着我们去发掘。代表了追求真相的探索精神。对于观众来说，可以理解为真相就在这里，我们一起来看看。对于参与协议的人来说，可以理解为，真相永远比你想的复杂，并没有那么简单。见仁见智了。
另一句也多次出现的“I want to belive”同样的有多层意思（英语也是很奇妙的不是吗？）对于穆德来说，他非常想证明外星人是真实存在的。一层层了解真相后，他又多次想相信，这就是真相的全部。而对于斯嘉丽，我想相信最开始则是带着质疑、同情。这里各位观众可以自行根据自己的理解去解释。
有关穆德：X档案的剧情发展也是穆德的成长史，这点是肯定的。穆德一开始的目的相当简单，就是证明外星人和找回妹妹，体现了一个年轻人的单纯和执着，也许在他内心深处，其实有着一个底限预期，妹妹已死，永远找不回来了，而证明外星人，也许只是让自己沉迷工作摆脱这个预期的工具而已。
随着真相一步步揭秘，穆德的世界观和是非观被拓展了，他渐渐的发现世界不像他想象的那么简单，原来清晰的对错，似乎由于格局的拓展，变得模糊了起来。他开始思考，有些时候甚至能够在某种程度上理解辛迪加的做法了。但是内心的正义让他无法完全对现状妥协，他在寻找一条属于自己的抗争之路。。。。。。
有关斯嘉丽：斯嘉丽具有典型的美国人思维方式，她有深厚的宗教信仰，同时又是一位唯物主义的医生，自身的矛盾让她极力的将超自然力和科学割裂（剧中专门有一集体现这一点）。但事实上斯嘉丽为一切寻求科学解释的性格注定了她和穆德是同路人，从一开始的怀疑、同情、嘲讽，到后来的震惊，再到后来的一同追寻真相，斯嘉丽身上体现的是人类的求知欲和自尊心的碰撞。
有关癌人：其实癌人这个角色更多的是我入地狱派的一个缩影，这一派有着极高的觉悟和格局，虽然带着那么一点傲慢，但是他们代表着地球的决心和牺牲。他们并非不在乎人命的损失，但是他们在大义面前选择站在前台，承受这份罪恶，他们所奋斗的目标，也是为全人类争取最大的胜算。
有关深喉：瞎逛菌个人倒是觉得深喉这个角色确实很讨喜，但他的作用有些被夸大了，按剧中的描述，深喉甚至不是辛迪加的成员，而是外星局的高层。知晓的真相层级还是相对较低，但是他还是帮助穆德，抓住了辛迪加露出的最初的尾巴。
好的，到这里，X档案的主线剧情就介绍完了。
有两点瞎逛菌要说明一下。
X档案的题材本身就是神秘主义，所以一些主线剧情描述比较模糊隐晦，又因为中英文翻译过程中会造成一些文化背景的失误，所以某些剧情的描述上是存在一些推断、猜测的成分的。而某些剧情则在不同的观众间存在比较大的理解上的差异。这一点有些类似动画片EVA的情况，就是剧情大概懂，但细节好多理解上有分歧。
X档案2018年推出的大电影征服未来中的某些设定，是违背主线剧情中设定的，这也正常，大家大体上可以把它看做是漫威的平行宇宙类似概念就好。
剧集评价
那我们如何评价X档案这部美剧呢？
首先X档案创下的辉煌纪录就能让他跻身顶尖美剧的行列。
在长达25年的时间里，9季完整TV版，202集；3部大电影；6集迷你剧
美国最知名的电视类刊物《电视指南》，曾将它评为 最伟大电视剧 。
2015年，《好莱坞报道者》调查2800名影视从业人员，评选出他们最爱的电视剧排名前100。
《X档案》名列 第三 。
该系列在 第五季开播时，创下2700万单集收视率。
至今还高居 FOX电视网单集收视冠军。
IMDb综合评分 8.7 。
国内同样口碑爆棚。
九季评分都在8以上，第二季更高达 9.2 。
